Además de lo que apunta LG (la primera respuesta), que indica la diferencia desde el punto de vista de origen del combustible, nos quieren "vender" la idea de que el bio-diesel es menos contaminante.
Ahora bien, TODA COMBUSTION, sin importar el combustible que se use genera dioxido de carbono (CO2) que es el responsable del calentamiento global. Desde ese punto de vista todo combustible es contaminante, sin importar su fuente. Lo que si es cierto es que hay combustibles que generan otros residuos dañinos (no relacionados con el calentamiento global) y que el bio-diesel los supera.
Otra ventaja del bio-diesel, según sus promotores, es que obviamente para obtenerlo, obviamente necesitamos plantas, lo que obligaría a las empresas de energía a sembrarlas para producirlo. Por lo tanto si siembras plantas que eliminan el CO2, pues mejoramos el balance del dioxido de carbono y ayudarían contra el calentamiento global.
Sobre este punto, lo único que pienso es que deberían determinar bastante bien las plantas a sembrar que den suficiente bio-diesel al procesarlas, y que sean buenas productoras de oxígeno, porque de lo contrario, estaríamos frente a una gran idea con escasos resultados.
Esta tecnología, si la logran implantar correctamente, podria ayudar tanto a la reforestación, como a un bajo impacto en la reconversión de motores e industrias. Faltaría ver que tan bueno es el balance entre oxígeno y CO2.